Unificación de Iglesias
Desde los principios de su colaboración con las Iglesias de España, D. Federico Fliedner, sus hijos y nietos trabajaron por la unidad de las diferentes ramas del Protestantismo español. La primera organización de iglesias a nivel nacional fué promovida por D. Federico y otros pastores, y se formó la Iglesia Cristiana Española en el año 1872, que en el 1880, tras muchos intentos de unificación por parte de Fliedner y otros más, se dividió en la Iglesia Cristiana Española (hoy Iglesia Evangélica Española, IEE) y la Iglesia Reformada Española (hoy Iglesia Española Reformada Episcopal, IERE). Para mantener la unión entre los diferentes misioneros, llegados a España, Fliedner organizó reuniones mensuales de oración, publicó una hoja informativa con circulación entre éstos, y siempre procuró animar a sus compañeros pastores y misioneros a intercambiar impresiones para poder hacer una labor evangélica conjunta. Otro lazo importante de unión entre los evangélicos es el así llamado "Vademécum Evangélico", un directorio de Iglesias (lugares de culto) e instituciones evangélicas. Se edita desde el año 1903. En los primeros años, reunió las direcciones de las iglesias en las dos caras de un solo cartoncito, pero en la medida que el Evangelio se estaba extendiendo por el país, fue creciendo el Vademécum Evangélico. Hoy, el directorio ocupa casi 100 páginas impresas en letra pequeña, y se acompaña por una agenda semanal con versículos bíblicos. En tiempos de dictadura y opresión, el directorio era la única guía para los evangélicos que buscaban correligionarios en otras partes del país, y muy necesario para los enfermos evangélicos en los hospitales, porque llevaba una declaración en su portada interior para que no les dieran la extrema unción y para que avisaran al pastor evangélico. Hoy también sirve de orientación y ayuda, como único directorio completo, que incluye todas las denominaciones evangélicas.

La Fundación Federico Fliedner hoy
Desde 1987, la Obra empezada por D. Federico Fliedner y continuada por sus hijos y nietos, está constituida como "Fundación Federico Fliedner" e inscrita como organización benéfica sin ánimo de lucro. Un círculo de amigos en España y en el Extranjero (por motivos históricos, especialmente en Alemania de donde había llegado Fliedner a España) apoya con sus donativos, y a veces con ayuda personal, la labor realizada por la Fundación Fliedner. Las propiedades inmobiliarias de las congregaciones en Madrid y Granada y de los puntos de misión en Extremadura y Andalucía fueron traspasadas al patrimonio de la Iglesia Evangélica Española (IEE), quedando en propiedad de la Fundación solamente el recinto de "El Porvenir", el local de la "Librería Calatrava", en Madrid, y la finca de la "Casa de Paz" en El Escorial. Actualmente, la Fundación Federico Fliedner rige el Colegio en "El Porvenir", el Colegio "Juan de Valdés" en Madrid, el Seminario Teológico "SEUT" con Residencia "Ponce de la Fuente" en el recinto de la antigua "Casa de Paz", en El Escorial, y la "Librería Calatrava" en Madrid. Desde hace unos años también se hace cargo de la residencia de ancianos "Hogar Evangélico de Ancianas" en Madrid. "El Porvenir" es también sede de una congregación evangélica de Madrid, la “Iglesia de Cristo”, de la IEE, que celebra sus cultos dominicales y otras actividades en el paraninfo-capilla y en las aulas.

Pasado, Presente y Futuro
En domingo de Resurrección del año 1869 el fundador, D. Federico Fliedner, vino por primera vez a España para conocer la situación de las pequeñas congregaciones que se establecieron después de la Revolución de 1868, "la Gloriosa", que trajo la libertad de cultos a nuestro país. El 9 de Noviembre de 1870, D. Federico se instaló definitivamente en Madrid. Los tiempos han cambiado, ahora hay libertad e igualdad para los evangélicos, pero la vocación diacónica, social y educativa de la Fundación Federico Fliedner tiene su trayectoria también en el presente, y para el futuro.